Alur pelayanan rujukan horizontal adalah sebagai berikut:

1. Peserta datang ke FKTP tempat peserta terdaftar
2. Apabila peserta membutuhkan pelayanan yang termasuk dalam diagnosa non spesialistik yang tidak bisa dilakukan oleh FKTP maupun jejaring tempat peserta terdaftar, maka FKTP memberikan rujukan horizontal dengan tujuan rujukan sebagai berikut:

• Puskesmas terdekat untuk pelayanan yang termasuk Program Pemerintah, atau pelayanan non kapitasi, atau pelayanan kapitasi sesuai ketersediaan tenaga kesehatan dan sarana prasarana; atau
• FKTP lain untuk pelayanan yang termasuk non kapitasi atau pelayanan kapitasi sesuai ketersediaan tenaga kesehatan dan sarana prasarana.

3. FKTP memberikan rujukan kepada peserta dengan tujuan FKTP berdasarkan hasil mapping rujukan horizontal.
4. FKTP penerima rujukan memberikan pelayanan kepada peserta dan mencatat pelayanan yang diberikan di sistem informasi yang disediakan oleh BPJS Kesehatan.